Sampai saat ini, faktor penyebab sariawan yang terjadi secara berulang (atau SAR, Stomatitis Aftosa Rekuren) masih belum diketahui dengan pasti. Kondisi ini bukan karena satu faktor saja tetapi diakibatkan banyak faktor. Faktor-faktor ini terdiri dari:
1. Pasta gigi dan obat kumur sodium lauryl sulphate (SLS)
Penelitian menunjukkan bahwa produk yang mengandungi SLS yaitu agen berbusa yang banyak ditemukan dalam pasta gigi dan obat kumur, berhubungan dengan peningkatan resiko terjadinya sariawan karena SLS dapat menyebabkan permukaan rongga mulut menjadi kering dan lebih rentan terhadap iritasi.
2.Trauma
Sariawan dapat terbentuk pada daerah bekas terjadinya luka penetrasi akibat trauma. Umumnya sariawan terjadi karena bibir tergigit saat berbicara atau saat mengunyah, akibat perawatan gigi, makanan atau minuman terlalu panas, dan sikat gigi. Trauma bukan faktor yang berhubungan dengan berkembangnya SAR pada semua penderita, tetapi trauma dapat dipertimbangkan sebagai faktor pendukung.
3. Genetik
Faktor ini dianggap mempunyai peranan yang sangat besar pada pasien yang menderita SAR. Bila kedua orangtua menderita SAR, besar kemungkinan timbul SAR pada anak-anaknya. Pasien dengan riwayat keluarga SAR akan menderita SAR sejak usia muda dan lebih berat dibandingkan pasien tanpa riwayat keluarga SAR.
4. Gangguan immunologi
Salah satu penelitian mungungkapkan bahwa respon imun yang berlebihan pada pasien SAR menyebabkan ulserasi lokal pada mukosa.
5. Alergi dan sensitivitas
Alergi adalah suatu respon imun spesifik yang tidak diinginkan (hipersensitifitas) terhadap alergen tertentu. SAR dapat terjadi karena sensitivitas jaringan mulut terhadap beberapa bahan pokok yang ada dalam pasta gigi, obat kumur, lipstik, permen karet, bahan gigi palsu atau bahan tambalan, serta bahan makanan. Setelah kontak dengan beberapa bahan yang sensitif, mukosa akan meradang. Gejala ini disertai rasa panas, kadang timbul gatal-gatal, dapat juga berbentuk vesikel kecil, tetapi sifatnya sementara dan akan pecah membentuk daerah erosi kecil dan ulser yang kemudian berkembang menjadi SAR.
6. Stres
Stres merupakan respon tubuh dalam menyesuaikan diri terhadap perubahan lingkungan yang terjadi terus menerus yang berpengaruh terhadap fisik dan emosi. Stres dinyatakan merupakan salah satu faktor yang berperan secara tidak langsung terhadap ulser stomatitis rekuren ini.
7. Defisiensi nutrisi
SAR dapat terjadi karena kekurangan nutrisi, antara lain defisiensi zat besi, defisiensi asam folat, defisiensi vitamin B12, defisiensi Zink. Faktor nutrisi lain yang berpengaruh pada timbulnya SAR adalah vitamin B1, B2 dan B6.
8. Hormonal
Pada wanita, sering terjadi SAR di masa pra-menstruasi. Bahkan banyak yang mengalaminya berulang kali. Keadaan ini diduga berhubungan dengan faktor hormonal. Hormon yang dianggap berperan penting adalah estrogen dan progesteron. Dua hari sebelum menstruasi akan terjadi penurunan estrogen dan progesteron secara mendadak. Penurunan estrogen mengakibatkan terjadinya penurunan aliran darah sehingga suplai darah utama ke perifer menurun dan terjadinya gangguan keseimbangan sel-sel termasuk rongga mulut, memperlambat proses keratinisasi sehingga menimbulkan reaksi yang berlebihan terhadap jaringan mulut dan rentan terhadap iritasi lokal sehingga mudah terjadi SAR. Progesteron dianggap berperan dalam mengatur pergantian epitel mukosa mulut.